El 4 de julio de 1187 los cruzados eran derrotados definitivamente junto a los Cuernos de Hatín. La Tierra Santa volvió a las manos de los musulmanes. Los lugares santos cristianos fueron cayendo en el olvido, y su destino eran el abandono y el deterioro.  

Cien años después de la conquista musulmana, pasaba por la llanura de Generaset Burcardo del Monte Sion, un dominico alemán que daría testimonio de que en “Magdalum” se conservaba la casa de la Magdalena. Burcardo pudo ver la casa y entrar en ella, pero no menciona el estado en que la encontró. Sin embargo, una década más tarde, en 1294, Ricoldo de Monte Crucis dejará por escrito la impresión que se llevó al ver la iglesia de Magdala: “Llegamos a Magdalum, el pueblo de María Magdalena, junto al lago de Genesaret. Allí lloramos y nos lamentamos porque encontramos una hermosa iglesia que, aunque no estaba destruida, había sido convertida en un establo. Allí cantamos y predicamos sobre el Evangelio de la Magdalena”. Hay que confesar que el texto de Ricoldo no es del todo seguro, y puede ser que, en vez de “convertida en un establo”, haya que traducir “bloqueada con tablones”. En cualquier caso, la reacción de estos peregrinos confirma que la Iglesia de la Magdalena se encontraba ya en un estado tal que arrancó las lágrimas de los presentes.  

1294 será el año en que por última vez se mencione de una Iglesia en Magdala. Habrá que esperar hasta 2014 para que los peregrinos cristianos puedan volver a elevar sus voces a Dios en una iglesia en Magdala. Y esta vez ya no entonarán endechas, sino himnos de alegría